Cuenta con un modo multijugador.
Konami ha anunciado que PES 2012 3D llegará a a Nintendo 3DS en las primeras semanas de diciembre ofreciendo, además de lo que ya conocemos de las versiones para sobremesa, de un nuevo sistema de control Touch Screen donde los usuarios utilizarán el stylus de la propia consola además de un completo control a través del Circle Pad.

PES 2012 3D también incluye la conocida opción de la Master League, que permite a los usuarios dar forma y desarrollar un equipo de desconocidos y convertirlos en una potencia. El nuevo juego incluye una versión renovada de la opción Become a Legend, donde se supervisa la progresión del jugador seleccionado mientras emergen como talentos mundiales. Otras novedades son parte de la renovada modalidad de Competición de Liga y Copa, del Entrenamiento Libre para trabajar en los movimientos clave de cada jugador, y del Modo de Edición. PES 2012 3D también cuenta con un elemento online reforzado, siguiendo las demandas y sugerencias de los fans de la saga.
Por otra parte, los usuarios podrán jugar con un amigo en partidas de uno-contra-uno a través del wireless y la configuración Wi-Fi de Nintendo, puediéndo intercambiar datos del equipo de la Liga Máster usando el StreetPass implementado por Konami.
